Honeycamは基本的に常に新しい名前でファイルを保存します。
現在開いているファイルを編集し、新しいファイルではなく既存のファイルに上書きしたい場合は、次のようにします。
設定(ショートカットキー:F5)を表示し、詳細設定で下部のオプション[既存ファイルを保存するときのファイル名規則の指定]をオンにし、コンボボックスの選択を%nにして、左下の確認ボタンを押します。
保存ボタンを押すと、現在作業中のファイル名で保存できます。